注意事項(xiàng)：
有時(shí)候在mac軟件的下載安裝中會(huì)遇到報(bào)錯(cuò)，現(xiàn)在華軍小編來(lái)給大家整理較為常見(jiàn)的報(bào)錯(cuò)情況并做出解答，有遇到報(bào)錯(cuò)的朋友可以參考如下方案：
1、“xxx軟件已損壞，無(wú)法打開(kāi)，你應(yīng)該將它移到廢紙簍”
2、“打不開(kāi)xxx軟件，因?yàn)?strong style="white-space:normal;">Apple無(wú)法檢查其是否包含惡意軟件”
3、“打不開(kāi)...軟件，因?yàn)樗鼇?lái)自身份不明的開(kāi)發(fā)者”
解決方案如下：
1、在自己的Mac電腦設(shè)置開(kāi)啟任何來(lái)源。
2、如果開(kāi)啟任何來(lái)源無(wú)法解決報(bào)錯(cuò)的情況，則表明該應(yīng)用受到蘋(píng)果針對(duì)應(yīng)用未簽名的限制，需要通過(guò)執(zhí)行命令行代碼來(lái)繞過(guò)應(yīng)用簽名認(rèn)證。 執(zhí)行命令繞過(guò)ios的公證Gatekeeper。
3、如果上述兩種方法都沒(méi)有奏效，那么需要關(guān)閉SIP系統(tǒng)完整性保護(hù)。
Geneious For Mac軟件功能
1、NGS分析和基因組學(xué)
使用行業(yè)領(lǐng)先的算法，包括TopHat和Velvet，Illumina、PacBio或Torrent讀數(shù)(任何長(zhǎng)度、成對(duì)端、條形碼)的從頭組裝或參考映射。對(duì)數(shù)據(jù)的綜合分析，包括基因組瀏覽器、持續(xù)的可視化、SNP調(diào)用和RNA-Seq表達(dá)式分析。
2、序列圖和色譜分析
修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件，正確的堿基調(diào)用并創(chuàng)建一致的序列?；蝾A(yù)測(cè)、模式、翻譯和變異調(diào)用的自動(dòng)標(biāo)注?；蛐臀⑿l(wèi)星跟蹤自動(dòng)梯擬合和峰值調(diào)用和生成等位基因表。
3、對(duì)齊和樹(shù)構(gòu)建
使用包括MAFFT和ClustalW在內(nèi)的可信算法對(duì)DNA或蛋白質(zhì)進(jìn)行成對(duì)和多種比對(duì)。查看和編輯實(shí)時(shí)翻譯和突出顯示。使用包括RAxML和PAUP在內(nèi)的同行評(píng)審算法構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù)，并為公開(kāi)準(zhǔn)備的圖形調(diào)整顯示設(shè)置。
4、分子克隆
查看質(zhì)粒圖，自動(dòng)注釋矢量并用注釋復(fù)制粘貼序列。尋找限制站點(diǎn)、消化、連接和執(zhí)行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。設(shè)計(jì)引物，找到CRISPR站點(diǎn)并優(yōu)化密碼。在克隆過(guò)程中跟蹤歷史和親子后代譜系。
5、搜索、共享和自動(dòng)化
針對(duì)NCBI進(jìn)行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用無(wú)縫集成的共享庫(kù)集中和協(xié)作數(shù)據(jù)。導(dǎo)入和導(dǎo)出大多數(shù)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)文件格式。建立自動(dòng)化的工作流程，以提高效率，控制業(yè)務(wù)流程，并減少您的研究中的人為錯(cuò)誤。
6、SnapGene文件導(dǎo)出
將SnapGene*.dna序列文件拖放到Geneious中，無(wú)縫地導(dǎo)入序列及其注釋和其他元數(shù)據(jù)。
7、CRISPR-CPF1特異性評(píng)分
自信地選擇最佳CRISPR-CPF1引導(dǎo)RNA位點(diǎn)使用新的特異性評(píng)分，這是根據(jù)對(duì)您選擇的數(shù)據(jù)庫(kù)的非目標(biāo)分析計(jì)算出來(lái)的。
8、智能NGS導(dǎo)入
只需一個(gè)簡(jiǎn)單的步驟就可以將任何類(lèi)型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。
9、CRISPR Cpf1選項(xiàng)
添加了CRISPR-CPF1與5’PAM位點(diǎn)的支持。在A和T豐富序列中找到位點(diǎn)，并在體內(nèi)具有更高的裂解效率。
10、RNA-Seq表達(dá)分析的火山圖
在交互式火山圖中可視化基因表達(dá)，可以用來(lái)突出和跳轉(zhuǎn)到差異表達(dá)基因。
11、限制性位點(diǎn)無(wú)表型突變分析
自動(dòng)識(shí)別在不影響蛋白質(zhì)的情況下引入限制位點(diǎn)的編碼序列中的點(diǎn)突變。
12、漂亮的PCA圖
具有更好的標(biāo)簽和新的可視化選項(xiàng)，創(chuàng)建漂亮的PCA圖形。
13、創(chuàng)建酶制劑
不再?gòu)钠渌麃?lái)源獲取信息?，F(xiàn)在您可以很容易地創(chuàng)建您自己的酶組。
14、更好的FASTQ導(dǎo)入功能
在導(dǎo)入過(guò)程中，成對(duì)讀取可以相互關(guān)聯(lián)，而Geneious會(huì)猜出它們是如何配對(duì)的。還可以設(shè)置讀取技術(shù)。
15、為細(xì)菌基因組比對(duì)更新Mauve插件
現(xiàn)在包括對(duì)序列列表的支持和用于重新排序重疊群的MCM操作，使draft基因組對(duì)齊和進(jìn)行基因組整理成為可能。
16、更好的BLAST服務(wù)器管理
一次設(shè)置多個(gè)BLAST服務(wù)器鏡像，每次搜索時(shí)，選擇最好的一個(gè)。不用每次切換鏡像。
17、NCBI BLAST云支持
有了NCBI BLAST云之后，設(shè)置您自己的BLAST鏡像變得更為簡(jiǎn)單。如果您以這種方式創(chuàng)建一個(gè)鏡像，Geneious可以與它連接起來(lái)。
18、按索引連接
連接序列列表并按索引對(duì)齊，而不是按照名稱(chēng)對(duì)齊，這對(duì)于合并不完全重疊的成對(duì)讀取非常有用。
19、序列列表的CSV/TSV導(dǎo)出
將序列表中的所有序列連同它們的元數(shù)據(jù)一起導(dǎo)出到CSV或TSV中，這樣您就可以將它們放在Excel中或類(lèi)似的情況下進(jìn)行進(jìn)一步分析。
Geneious For Mac軟件特色
Geneious結(jié)合了所有主要的生物信息學(xué)分析工具。 Geneious提供一個(gè)免費(fèi)的學(xué)術(shù)使用的基本版本，一個(gè)提供更多功能的付費(fèi)商業(yè)增強(qiáng)版本.
序列比對(duì)和序列觀(guān)看
Motif搜索和開(kāi)放讀碼框(ORF)
進(jìn)化樹(shù)建設(shè)UPGMA，NJ bootstrapping和consensus trees
Contig assembly和色譜編輯
限制性?xún)?nèi)切酶分析
PCR引物設(shè)計(jì)
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的觀(guān)看
整合數(shù)據(jù)庫(kù)-集成檢索與GenBank，PubMed，BLAST和UniProt
通過(guò)互聯(lián)網(wǎng)協(xié)作和共享數(shù)據(jù)
生物信息教學(xué)-創(chuàng)建教程與直接聯(lián)系的材料
公共API開(kāi)發(fā)，由社區(qū)開(kāi)發(fā)的生物信息學(xué)的免費(fèi)插件
各種標(biāo)準(zhǔn)的生物信息學(xué)等應(yīng)用工具ClustalW，MrBayes，EMBOSS,PAUP和Mauve。
Geneious For Mac使用說(shuō)明
1、打開(kāi)geneious
2、初始界面如下圖：
3、Alignment可用于比對(duì)，tree建樹(shù)，assembly拼接。 序列拼接
右鍵點(diǎn)擊local，創(chuàng)建新文件夾，測(cè)序公司提供*.abi格式文檔，可直接拖動(dòng)，或者file-import。 導(dǎo)入完成后結(jié)果如圖
4、為了準(zhǔn)確可再次導(dǎo)入一個(gè)參考序列。
5、選擇需要拼接的序列和參考序列進(jìn)行assembly，(示例：DTH8和DTH8-13F/R)，彈出窗口
6、參考序列為DTH8(自動(dòng)識(shí)別)，選擇不要剪切----ok。拼接完成圖
7、按住ctrl，向上滾動(dòng)鼠標(biāo)即可放大，與參考序列一致顏色不變
8、與參考序列不一致顏色藍(lán)色
9、此時(shí)選擇上面的峰，第一個(gè)不一致處，多出一個(gè)G，點(diǎn)擊allow editing，光標(biāo)變?yōu)榫G色，將其放在consensus上，刪除“-”
10、下面一行的G則被刪除，序列校正過(guò)后再點(diǎn)擊allow editing，如圖
11、下一處不同豎著看--A--A---,選擇A，不需要修改。
整個(gè)序列校正完畢后，點(diǎn)擊save
若需要導(dǎo)出序列選擇consensus，全選該序列，點(diǎn)擊file-export-selected documents
Geneious For Mac更新日志
將bug掃地出門(mén)進(jìn)行到底
優(yōu)化用戶(hù)反饋的問(wèn)題，提升細(xì)節(jié)體驗(yàn)
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